Filhan päätösvaltaa käyttävät yhdistyksen kokous ja sen valtuusto. Yhdistystä edustaa ja sen asioita hoitaa hallitus.
Valtuusto käyttää yhdistyksen päätösvaltaa.
Hallituksen kokoonpanossa on otettava huomioon alueellinen ja monipuolinen asiantuntemus sekä tasapuolisesti jäsenistön sekä lääketieteellinen että muu asiantuntemus. Hallituksen puheenjohtajana toimii toimitusjohtaja Jaakko Herrala.
Yhdistyksen toimintaa johtaa pääsihteeri Tuula Vasankari.